Der größte der drei Gemäldesäle war 1833 der Malerei um 1500 gewidmet. Die Mehrzahl der ausgestellten Werke stammte aus Frankfurter Kirchen und Klöstern. Diese Tafeln wurden zusammen mit Gemälden, die damals irrig als Werke Jan van Eycks oder Hans Holbeins d. J. galten, in die nationale Kunstgeschichte des „deutschen Mittelalters“ eingeordnet.
Im Zuge der von Napoleon verfügten Säkularisation wurden 1803 auch in Frankfurt die geistlichen Einrichtungen aufgehoben und die hier über Jahrhunderte zusammengetragenen bedeutenden Kunstwerke heimatlos. Ein erstes Auffangbecken bildete die 1808 gegründete Frankfurter Museumsgesellschaft, die die in ihrem Besitz befindlichen Altarbilder aus der Dominikaner- und der Karmeliterkirche bereits 1822 als Leihgaben ins Städelsche Kunstinstitut gab.
So wurden den Besuchern des Altdeutschen-Saals nicht nur die monumentalen Bilder Hans Holbeins d. Ä. für die Werktagsseite des Hochaltars der Frankfurter Dominikanerkirche (Inv. Nr. HM 6–9, HM 17–20) präsentiert, sondern auch das von Albrecht Dürer und Grünewald für den Frankfurter Großkaufmann Jacob Heller geschaffene Retabel (Inv. Nr. HM 36 und 37 sowie heute im Historischen Museum Frankfurt, Inv. Nr. B 265–271). In beiden Fällen hatte man schon im 18. Jahrhundert die ursprünglich doppelseitigen Flügelbilder gespalten und damit in einzeln zu präsentierende Bildtafeln getrennt. Die Einzelteile des „Heller-Altars“ wurden dementsprechend über alle vier Wände des Saals verteilt, denn ihr ursprünglicher Zusammenhang war mittlerweile vergessen worden. Die Kopie nach Dürers verlorenem Mittelbild mit der „Himmelfahrt Mariens“ wurde gar als „Gegenstück“ zu Philipp Uffenbachs ein knappes Jahrhundert später entstandener „Himmelfahrt Christi“ (beide heute im Historischen Museum Frankfurt, Inv. Nr. B 265, B 303) auf der Ostwand des Raumes inszeniert.
Prominent waren auch die beiden Altarbilder des um 1500 in Antwerpen tätigen „Meisters von Frankfurt“ platziert, den man im 19. Jahrhundert wegen der Herkunft der Bilder aus Frankfurter Kirchen irrtümlich für einen lokalen Maler hielt: der Annenaltar aus der Dominikanerkirche (heute im Historischen Museum Frankfurt, Inv. Nr. B 259–261) und das für die Frankfurter Patrizierfamilie Humbracht gemalte Kreuzigungs-Triptychon (Inv. Nr. 715), das aus der bereits 1786 abgebrochenen Barfüßerkirche (dem Vorgängerbau der Paulskirche) stammte.
Im unmittelbar westlich anschließenden Museumsraum, der 1833 dem Publikum noch nicht zugänglich war, sollte Inspektor Philipp Veit bis 1836 „Die Einführung der Künste in Deutschland durch das Christentum“ malen (Inv. Nr. 1114).
Im Vorgriff auf dieses monumentale Programmbild hatte Veit das Deckenfeld über der Eingangstür des Altdeutschen-Saals entworfen. Es zeigte „das über den Trümmern der antiken Kunst nach der Nacht der Barbarei durch den Einfluss der Religion wieder erwachende Kunstleben“ (Verzeichnis 1835, S. 53). Die Personifikation der Kunst erinnerte nicht von ungefähr an die Frau in Dürers „Melencholia“-Stich. Ein „Verkündigungsengel“ weist sie auf den Morgenstern im Himmel, sie wird von der Feuerzunge des Heiligen Geistes inspiriert.
An der gegenüberliegenden Seite, vor dem Italienersaal, wurde das Ideal eines Mittelalters vor Augen geführt, das gleichzeitig das Ideal der dreigliedrigen Kunstschule widerspiegelte: „die Vereinigung der Malerei, Bau- und Bildhauerkunst“. Vor ebenmäßiger Architektur standen die Künste im göttlichen Licht – „gleichsam als christliche Grazien“, wie ein Bewunderer bemerkte (Kunst-Blatt 1834, S. 83).
Dieser Vorstellung entsprachen die zwölf Porträtkartuschen an der Decke, die Meister aller Disziplinen zeigten: Über dem Eingang aus dem Niederländersaal waren wahrscheinlich die Baumeister Erwin von Steinbach und Anton Pilgram zu sehen, links davon die Bildhauer Peter Vischer und Adam Kraft. Im Uhrzeigersinn folgten die wichtigsten deutschen und niederländischen Maler. Nach Cranach und Schongauer waren die prominentesten Stellen über dem Durchgang zum Italienersaal Albrecht Dürer und Jan van Eyck vorbehalten, rechts von ihnen kamen „Meister Wilhelm“ (Stefan Lochner), Jan van Scorel, Hans Holbein und „Hans Hemmelink“ (Memling).